توالی یابی نانوپور - روشها و پروتکل ها Nanopore Sequencing_ Methods and Protocols

فهرست مطالب: Preface .......... . . . . . v Contributors.......... . ix PART I NANOPORE SEQUENCING FOR GENOMICS AND BEYOND 1 The Current State of Nanopore Sequencing..... . . . 3 2 Hybrid Genome Assembly of Short and Long Reads in Galaxy ... 15 3 Microbial Genome Sequencing and Assembly Using Nanopore Sequencers . . . . 31 4 De Novo Genome Assembly of Japanese Black Cattle as Model of an Economically Relevant Animal...... . . . 41 5 How to Sequence and Assemble Plant Genomes ....57 6 Detection of DNA Modification Using Nanopore Sequencers ... . 79 7 Ultralow-Input Genome Library Preparation for Nanopore Sequencing with Droplet MDA........ . . . . 91 8 The Method of Eliminating the Wolbachia Endosymbiont Genomes from Insect Samples Prior to a Long-Read Sequencing .... 101 9 A Nanopore Sequencing Course for Graduate School Curriculum .. . . . . 113 PART II ANALYSIS OF REPETITIVE REGIONS AND STRUCTURAL VARIANTS 10 A Guide to Sequencing for Long Repetitive Regions .... . . 131 11 Analysis of Tandem Repeat Expansions Using Long DNA Reads .. . . . . . 147 12 Finding Rearrangements in Nanopore DNA Reads with LAST and dnarrange ......... . 161 13 Long-Read Whole-Genome Sequencing Using a Nanopore Sequencer and Detection of Structural Variants in Cancer Genomes ... . . . . . 177 PART III RAPID ON-SITE MICROBIAL DETECTION AND EPIDEMIOLOGY 14 Full-Length 16S rRNA Gene Analysis Using Long-Read Nanopore Sequencing for Rapid Identification of Bacteria from Clinical Specimens ... . . 193 15 Nanopore Sequencing Data Analysis of 16S rRNA Genes Using the GenomeSync-GSTK System ...... 215 16 Genomic Epidemiological Analysis of Antimicrobial-Resistant Bacteria with Nanopore Sequencing ....... . . . 227 17 Rapid and Comprehensive Identification of Nontuberculous Mycobacteria . . . . 247 PART IV NANOPORE SEQUENCING FOR TRANSCRIPTOMICS AND BEYOND 18 Long-Read Single-Cell Sequencing Using scCOLOR-seq... . . . . . 259 19 Unfolding the Bacterial Transcriptome Landscape Using Oxford Nanopore Technology Direct RNA Sequencing ...... . . 269 20 Nanopore Direct RNA Sequencing of Monosomeand Polysome-Bound RNA ....... . . . 281 21 RNA Modification Detection Using Nanopore Direct RNA Sequencing and nanoDoc2 ......... 299 Index ..........321
فهرست به فارسی (ترجمه ماشینی): پیشگفتار ........... . . . . v مشارکت کنندگان........... ix بخش اول توالی یابی نانوحفره برای ژنومیک و فراتر از آن 1 وضعیت فعلی توالی یابی نانوحفره ..... . . . 3 2 مجموعه ژنوم هیبریدی قرائت های کوتاه و بلند در کهکشان ... 15 3 توالی یابی و مونتاژ ژنوم میکروبی با استفاده از توالی یابی نانوحفره. . . . 31 4 مونتاژ ژنوم De Novo گاو سیاه ژاپنی به عنوان مدل یک حیوان اقتصادی مرتبط...... . . . 41 5 نحوه توالی و جمع آوری ژنوم گیاهان ....57 6 تشخیص اصلاح DNA با استفاده از توالی یابی نانوحفره ... . 79 7 آماده سازی کتابخانه ژنوم با ورودی بسیار کم برای توالی یابی نانوحفره با قطره MDA......... . . . . 91 8 روش حذف ژنوم اندوسیمبیونت Wolbachia از نمونه های حشرات قبل از توالی خوانی طولانی .... 101 9 یک دوره توالی نانوحفره برای برنامه درسی مدارس تحصیلات تکمیلی .. . . . . 113 بخش دوم تجزیه و تحلیل مناطق تکراری و متغیرهای ساختاری 10 راهنمای توالی برای مناطق تکراری طولانی .... . . 131 11 تجزیه و تحلیل انبساط های تکراری پشت سر هم با استفاده از خواندن طولانی DNA .. . . . . . 147 12 یافتن بازآرایی در خواندن DNA نانوحفره با LAST و dnarrange ......... . 161 13 توالی یابی کل ژنوم با خواندن طولانی با استفاده از توالی یابی نانوحفره و تشخیص انواع ساختاری در ژنوم های سرطان ... . . . . . 177 بخش سوم: تشخیص سریع میکروبی و اپیدمیولوژی در محل 14 تجزیه و تحلیل ژن 16S rRNA تمام طول با استفاده از توالی یابی نانوحفره طولانی خوانده شده برای شناسایی سریع باکتری ها از نمونه های بالینی ... . . 193 15 تجزیه و تحلیل داده های توالی یابی نانوحفره ژن های 16S rRNA با استفاده از سیستم GenomeSync-GSTK ...... 215 16 تجزیه و تحلیل اپیدمیولوژیک ژنومی باکتری های مقاوم به ضد میکروبی با توالی یابی نانوحفره ....... . . . 227 17 شناسایی سریع و جامع مایکوباکتریوم های غیر سلی. . . . 247 بخش چهارم توالی یابی نانوپور برای رونویسی و فراتر از آن 18 توالی خوانی طولانی تک سلولی با استفاده از scCOLOR-seq... . . . . . 259 19 آشکارسازی منظره رونویسی باکتری با استفاده از فناوری نانوحفره آکسفورد توالی یابی مستقیم RNA ...... . . 269 20 توالی RNA مستقیم نانوحفره RNA مونوزومی و پلیزومی محدود ........ . . . 281 21 تشخیص اصلاح RNA با استفاده از توالی یابی مستقیم RNA نانوپوره و nanoDoc2 ......... 299 شاخص ..........321
مشخصات فایل
عنوان (Title):	Nanopore Sequencing_ Methods and Protocols
نام فایل (File name):	1181-www.GeneProtocols.ir-Nanopore Sequencing_ Methods and Protocols-Humana Press (2023).pdf
عنوان فارسی (Title in Persian):	توالی یابی نانوپور - روشها و پروتکل ها
ایجاد کننده:	Kazuharu Arakawa
زبان (Language):	انگلیسی English
سال انتشار:	2023
شابک ISBN:	ISBN 978-1-0716-2995-6 ISBN 978-1-0716-2996-3
نوع سند (Doc. type):	کتاب
فرمت (File extention):	PDF
حجم فایل (File size):	12 مگابایت
تعداد صفحات (Book length in pages):	318

پس از پرداخت، دانلود فایل آغاز می شود

درباره درگاه پرداخت نکست پی بیشتر بدانید