علوم محاسباتی پپتیدها - روشها و پروتکل ها Computational Peptide Science_ Methods and Protocols

فهرست مطالب: Preface ......... . . . . v Contributors......... xi 1 Machine Learning Prediction of Antimicrobial Peptides ... . . . . 1 2 Tools for Characterizing Proteins: Circular Variance, Mutual Proximity, Chameleon Sequences, and Subsequence Propensities ... . . . . . . 39 3 Exploring the Peptide Potential of Genomes .... . . . . . . 63 4 Computational Identification and Design of Complementary β-Strand Sequences ....... . . . . 83 5 Dynamics of Amyloid Formation from Simplified Representation to Atomistic Simulations ....... 95 6 Predicting Membrane-Active Peptide Dynamics in Fluidic Lipid Membranes ....... . . . . . . 115 7 Coarse-Grain Simulations of Membrane-Adsorbed Helical Peptides........ 137 8 Peptide Dynamics and Metadynamics: Leveraging Enhanced Sampling Molecular Dynamics to Robustly Model Long-Timescale Transitions ........ . . . . 151 9 Metadynamics Simulations to Study the Structural Ensembles and Binding Processes of Intrinsically Disordered Proteins ... . . 169 10 Computational and Experimental Protocols to Study Cyclo-dihistidine Self- and Co-assembly: Minimalistic Bio-assemblies with Enhanced Fluorescence and Drug Encapsulation Properties .... . . 179 11 Computational Tools and Strategies to Develop Peptide-Based Inhibitors of Protein-Protein Interactions..... . 205 12 Rapid Rational Design of Cyclic Peptides Mimicking Protein–Protein Interfaces ...... . . . . . . 231 13 Structural Prediction of Peptide–MHC Binding Modes ... . . . . 245 14 Molecular Simulation of Stapled Peptides ..... . 283 15 Free Energy-Based Computational Methods for the Study of Protein-Peptide Binding Equilibria ..... . . . . 303 16 Computational Evolution Protocol for Peptide Design ... . . . . . 335 17 Computational Design of Miniprotein Binders .... . . . . 361 18 Computational Design of Peptides with Improved Recognition of the Focal Adhesion Kinase FAT Domain ....383 19 Knowledge-Based Unfolded State Model for Protein Design... 403 Index ......... . . . . . 425
فهرست به فارسی (ترجمه ماشینی): پیشگفتار ......... . . . . v مشارکت کنندگان......... xi 1 پیش بینی یادگیری ماشینی پپتیدهای ضد میکروبی ... . . . . 1 2 ابزار برای مشخص کردن پروتئین ها: واریانس دایره ای، مجاورت متقابل، دنباله های آفتاب پرست، و تمایلات بعدی ... . . . . . . 39 3 بررسی پتانسیل پپتیدی ژنوم ها .... . . . . . . 63 4 شناسایی محاسباتی و طراحی دنباله های بتا رشته مکمل ....... . . . . 83 5 دینامیک تشکیل آمیلوئید از نمایش ساده تا شبیه سازی اتمی ....... 95 6 پیش بینی دینامیک پپتید فعال غشایی در غشاهای لیپیدی سیال ....... . . . . . . 115 7 شبیه سازی درشت دانه پپتیدهای حلزونی جذب شده با غشاء... 137 8 دینامیک پپتید و متادینامیک: بهره‌برداری از دینامیک مولکولی نمونه‌برداری پیشرفته برای مدل‌سازی قوی انتقال‌های درازمدت ........ . . . . 151 9 شبیه‌سازی متادینامیک برای مطالعه مجموعه‌های ساختاری و فرآیندهای اتصال پروتئین‌های با اختلال ذاتی .... . 169 10 پروتکل محاسباتی و تجربی برای مطالعه خودآرایی و هم‌آمیزی سیکلو دی هیستیدین: مجموعه‌های زیستی حداقلی با خواص فلورسانس و کپسولاسیون دارویی پیشرفته .... . . 179 11 ابزار محاسباتی و استراتژی برای ایجاد مهارکننده های مبتنی بر پپتید در تعاملات پروتئین-پروتئین..... . 205 12 طراحی منطقی سریع پپتیدهای حلقوی با تقلید از رابط های پروتئین-پروتئین ...... . . . . . . 231 13 پیش بینی ساختاری حالت های اتصال پپتید-MHC ... . . . . 245 14 شبیه سازی مولکولی پپتیدهای منگنه ..... . 283 15 روش محاسباتی مبتنی بر انرژی رایگان برای مطالعه تعادل های اتصال پروتئین-پپتید ..... . . . . 303 16 پروتکل تکامل محاسباتی برای طراحی پپتید ... . . . . . 335 17 طراحی محاسباتی Miniprotein Binders .... . . . . 361 18 طراحی محاسباتی پپتیدها با بهبود تشخیص حوزه چربی کانونی چسبندگی کیناز ....383 19 مدل حالت بازشده مبتنی بر دانش برای طراحی پروتئین... 403 فهرست مطالب ......... . . . . . 425
مشخصات فایل
عنوان (Title):	Computational Peptide Science_ Methods and Protocols
نام فایل (File name):	1205-www.GeneProtocols.ir-Computational Peptide Science_ Methods and Protocols-Humana (2022).pdf
عنوان فارسی (Title in Persian):	علوم محاسباتی پپتیدها - روشها و پروتکل ها
ایجاد کننده:	Thomas Simonson
زبان (Language):	انگلیسی English
سال انتشار:	2022
شابک ISBN:	ISBN 978-1-0716-1854-7 ISBN 978-1-0716-1855-4 (eBook)
نوع سند (Doc. type):	کتاب
فرمت (File extention):	PDF
حجم فایل (File size):	13.1 مگابایت
تعداد صفحات (Book length in pages):	434

پس از پرداخت، دانلود فایل آغاز می شود

درباره درگاه پرداخت نکست پی بیشتر بدانید